Maladie de Hashimoto et arrêt de travail : indemnités, ALD et démarches

Une maladie thyroïdienne chronique, qui s’installe dans la durée, et un arrêt de travail à faire indemniser : la rencontre n’a rien d’automatique. L’indemnisation obéit à des règles très codifiées, différentes selon que l’on est salarié du privé ou agent public. Le diagnostic de Hashimoto ne suffit pas à lui seul à ouvrir un droit : des conditions d’activité, un délai d’attente et des plafonds entrent en jeu. Résultat, un écart net entre une maladie durable et des droits qui varient selon le statut de chacun.

Maladie de Hashimoto et arrêt de travail : qui décide, et comment ?

La loi ne dresse pas de liste de maladies qui donneraient droit à un arrêt. C’est la situation de la personne, appréciée par son médecin, qui compte : le médecin constate que l’état de santé ne permet pas de travailler et établit l’avis d’arrêt. La thyroïdite de Hashimoto, affection chronique de la thyroïde, n’ouvre donc aucun droit automatique ; elle peut en revanche justifier un arrêt, ponctuel ou plus long, comme n’importe quelle autre maladie. Le choix de s’arrêter et sa durée relèvent uniquement du médecin.

Côté formalités, le papier a ses exigences. Sur support papier, seul le formulaire cerfa sécurisé, muni de son étiquette holographique, est accepté ; les anciens formulaires, photocopies ou scans ne sont plus recevables, selon service-public.gouv.fr. Une consultation en télémédecine reste possible, mais, hors médecin traitant ou sage-femme, l’arrêt prescrit ne peut pas dépasser 3 jours.

Reste le délai d’envoi. Pour les indemnités complémentaires versées par l’employeur, le certificat médical doit lui être transmis dans les 48 heures. Dans la fonction publique, le même délai de 48 heures s’applique.

Quelles conditions pour être indemnisé en cas de maladie de Hashimoto et d’arrêt de travail ?

Pour une maladie de Hashimoto et un arrêt de travail indemnisé, tout dépend de l’activité récente. Les conditions s’apprécient à la date de l’arrêt et diffèrent selon la durée de celui-ci. Le tableau ci-dessous reprend les seuils publiés par service-public.gouv.fr.

Situation	Condition à remplir
Arrêt de 6 mois au plus	150 heures travaillées sur les 3 mois civils précédents, ou cotisations sur une rémunération au moins égale à 1 015 fois le Smic horaire sur les 6 mois civils précédents
Travail discontinu ou saisonnier	600 heures sur les 12 mois précédents, ou rémunération d’au moins 2 030 fois le Smic horaire sur la même période
Arrêt de plus de 6 mois	Affiliation à la Sécurité sociale depuis au moins 12 mois et 600 heures travaillées sur les 12 mois civils précédents, ou cotisations sur au moins 2 030 fois le Smic horaire sur les 12 derniers mois

Ces règles valent pour les salariés à temps complet comme à temps partiel. Les périodes déjà indemnisées par la Sécurité sociale (maladie, maternité, accident du travail) comptent chacune pour 6 heures de travail par jour indemnisé.

Quand les conditions ne sont pas remplies, il n’y a pas d’indemnité de la Sécurité sociale, mais l’arrêt reste valable vis-à-vis de l’employeur. Dans la fonction publique, le maintien du traitement obéit à d’autres règles, détaillées plus bas.

Combien rapporte un arrêt de travail pour Hashimoto, et pendant combien de temps ?

En cas de maladie de Hashimoto et arrêt de travail dans le privé, le calcul est celui de toutes les maladies. L’indemnité journalière correspond à 50 % du salaire journalier de base. Pour un salaire mensuel, ce salaire journalier s’obtient en divisant le total des 3 derniers salaires bruts par 91,25. Le salaire retenu est plafonné à 1,4 fois le Smic mensuel, soit 2 613,82 € en 2026 ; ce plafond était de 1,8 fois le Smic pour les arrêts commencés avant le 1er avril 2025. L’indemnité ne peut en aucun cas dépasser 42,97 € bruts par jour.

Un exemple tiré de service-public.gouv.fr : avec 2 000 € bruts par mois, le salaire journalier de base est de 65,75 € et l’indemnité de 32,87 € par jour. Tous les jours calendaires sont indemnisés, week-ends compris, avec un versement tous les 14 jours.

Un délai de carence de 3 jours s’applique à chaque arrêt : l’indemnité démarre le 4e jour. Pour un arrêt commencé le 1er juillet, le premier jour indemnisé est donc le 4 juillet. La carence ne s’applique pas si la reprise entre deux arrêts n’a pas dépassé 48 heures, ni pour des arrêts successifs liés à une affection de longue durée.

Cas	Durée maximale d’indemnisation
Cas général	12 mois d’indemnités sur une période de 3 ans consécutifs
Affection de longue durée	3 ans d’indemnisation, un nouveau délai s’ouvrant après au moins 1 an de reprise du travail

Ces montants sont bruts. Une convention collective ou un accord d’entreprise peut prévoir un complément de l’employeur : il se lit dans le texte applicable. Pour simuler un cas précis, le simulateur d’indemnités journalières maladie de ce site donne un ordre de grandeur.

La maladie de Hashimoto relève-t-elle d’une ALD ?

L’ALD, ou affection de longue durée, permet une prise en charge à 100 % des soins liés à la maladie sur la base du tarif de la Sécurité sociale. Il en existe trois formes, décrites par service-public.gouv.fr : l’ALD 30, liste de 30 affections ; l’ALD 31, dite « hors liste » ; l’ALD 32, réservée aux polypathologies.

L’ALD 31 concerne les maladies dont l’évolution est prévisible sur plus de 6 mois et dont le traitement est particulièrement coûteux. Il faut un traitement médicamenteux ou un appareillage obligatoire, plus 2 critères parmi 4 : hospitalisation à venir, actes techniques répétés, actes biologiques répétés, soins paramédicaux fréquents et réguliers. L’ALD 32 vise, elle, plusieurs affections entraînant un état invalidant et nécessitant plus de 6 mois de soins coûteux. Une reconnaissance pour une thyroïdite de Hashimoto n’a donc rien d’acquis : elle se juge au cas par cas, sur la gravité de la situation et les soins réellement nécessaires. Le médecin traitant établit le protocole de soins, que valide le médecin conseil de l’Assurance maladie ; le patient le signe et le présente à chaque médecin consulté.

Ce que change une ALD reconnue pour la maladie de Hashimoto et l’arrêt de travail : l’indemnisation peut durer 3 ans au lieu de 12 mois sur 3 ans, et la carence de 3 jours ne s’applique pas aux arrêts successifs liés à l’affection. Côté soins, une ordonnance dite « bizone » sépare la partie liée à l’ALD (remboursée à 100 %) de celle qui n’a aucun rapport (taux habituels). Restent à la charge du patient les dépassements d’honoraires, la participation forfaitaire de 2 €, les franchises médicales et le forfait hospitalier. La prise en charge est renouvelable tant que l’état de santé le justifie.

Maladie de Hashimoto et arrêt de travail dans la fonction publique : quels droits ?

La fonction publique n’applique pas les règles du privé. Pour un fonctionnaire de l’État, territorial ou hospitalier, le congé de maladie ordinaire peut durer 1 an sur 12 mois consécutifs. Le traitement indiciaire brut est maintenu à 90 % pendant 3 mois, puis à 50 % pendant 9 mois, selon service-public.gouv.fr. Chaque arrêt comporte un jour de carence non rémunéré : la rémunération démarre donc le 2e jour.

Le jour de carence ne s’applique pas dans certains cas : prolongation dans les 48 heures, entre deux arrêts pour la même affection, avec la case « prolongation » cochée ; congé de longue maladie ou de longue durée ; et, en cas d’ALD, il ne s’applique qu’une fois par période de 3 ans, calculée de date à date à partir du premier congé lié à cette ALD.

Pour les agents de la fonction publique territoriale et hospitalière, la durée rémunérée dépend de l’ancienneté :

Ancienneté	Maintien du traitement indiciaire
Après 4 mois de services	30 jours à 90 % puis 30 jours à 50 %
Après 2 ans de services	60 jours à 90 % puis 60 jours à 50 %
Après 3 ans de services	90 jours à 90 % puis 90 jours à 50 %

Les points de vigilance : l’avis d’arrêt doit parvenir à l’administration dans les 48 heures ; un retard conduit, en cas de nouvel envoi tardif dans les 24 mois, à réduire de moitié la rémunération due entre l’établissement de l’arrêt et sa transmission. Après 12 mois consécutifs, la reprise exige un avis favorable du conseil médical. Pour un retour progressif, l’article sur le mi-temps thérapeutique dans la fonction publique détaille cette étape.

Questions fréquentes

Un arrêt de travail pour Hashimoto est-il payé dès le premier jour ?

Non, dans le privé : l’indemnité de la Sécurité sociale commence au 4e jour, après 3 jours de carence. Dans la fonction publique, le premier jour est le seul non rémunéré. Selon la convention collective, l’employeur peut compléter ou prendre en charge les premiers jours.

Les arrêts répétés pour Hashimoto sont-ils indemnisés sans limite ?

Non. Hors ALD, le maximum est de 12 mois d’indemnités sur 3 ans consécutifs. Avec une ALD, il atteint 3 ans d’indemnisation, et un nouveau délai ne s’ouvre qu’après au moins 1 an de reprise du travail.

La carence s’applique-t-elle à chaque nouvel arrêt pour Hashimoto ?

En général oui, à chaque arrêt. Elle disparaît si la reprise entre deux arrêts n’a pas dépassé 48 heures, ou pour des arrêts successifs liés à une ALD.

Que se passe-t-il si l’arrêt est envoyé en retard ?

Dans la fonction publique, l’administration écrit d’abord à l’agent ; en cas de nouvel envoi tardif dans les 24 mois, la rémunération est réduite de moitié sur la période concernée. Pour le privé, voyez l’article sur l’arrêt de travail envoyé hors délai à la CPAM.

Maladie de Hashimoto et arrêt de travail : les soins sont-ils remboursés à 100 % ?

Seulement en cas d’ALD reconnue, et pour les soins liés à l’affection. Sans ALD, le ticket modérateur reste à charge ; par exemple, pour une consultation de généraliste au tarif de 30 € chez le médecin traitant, l’Assurance maladie prend en charge 70 %, soit 21 €, et le ticket modérateur est de 9 €.

Sources

1. Service-public.gouv.fr, « Indemnités journalières (IJ) maladie », https://www.service-public.gouv.fr/particuliers/vosdroits/F3053, consultée le 15 octobre 2026.
2. Service-public.gouv.fr, « Affection de longue durée (ALD) », https://www.service-public.gouv.fr/particuliers/vosdroits/F34068, consultée le 15 octobre 2026.
3. Service-public.gouv.fr, « Congé de maladie du fonctionnaire », https://www.service-public.gouv.fr/particuliers/vosdroits/F490, consultée le 15 octobre 2026.
4. Service-public.gouv.fr, « Délai de carence en cas de maladie dans la fonction publique », https://www.service-public.gouv.fr/particuliers/vosdroits/F13861, consultée le 15 octobre 2026.
5. Service-public.gouv.fr, « Participation forfaitaire, franchises et ticket modérateur », https://www.service-public.gouv.fr/particuliers/vosdroits/F165, consultée le 15 octobre 2026.