Mi-temps thérapeutique dans la fonction publique : combien touche-t-on, et pendant combien de temps ?

Quand la santé oblige à réduire son temps de travail, la vraie difficulté n’est pas seulement médicale. Dans la fonction publique, savoir combien touche-t-on en mi-temps thérapeutique, et pendant combien de temps, devient vite flou parce que le régime change selon le statut, le versant et même les primes. Et depuis la réforme de procédure entrée en vigueur l’été dernier, beaucoup de pages mélangent anciennes et nouvelles règles. Voici ce qui compte vraiment : la paie selon votre statut, la durée maximale, les changements récents et les cas qui font varier le dossier.

Combien touche un agent en temps partiel thérapeutique ?

Le point décisif est simple : tout dépend d’abord du statut. Pour un fonctionnaire titulaire ou stagiaire, la règle de base est favorable. Le traitement indiciaire est maintenu en totalité pendant la période travaillée à temps partiel pour raison thérapeutique.

Ce maintien intégral ne veut pas dire que toute la fiche de paie reste toujours identique. Dans les trois versants, le traitement indiciaire est conservé. Mais les primes, elles, ne suivent pas partout la même logique. C’est la raison pour laquelle deux agents placés à 50 % peuvent constater un écart sensible sur leur net, sans que la règle de base soit différente.

Fonctionnaire, contractuel, versant public, ce qui change

Le meilleur moyen d’y voir clair est de séparer les situations. La même expression recouvre en réalité des régimes de paie différents selon que vous êtes fonctionnaire de l’État, territorial, hospitalier ou contractuel.

Pour la fonction publique de l’État, la règle est la plus lisible : traitement indiciaire, primes et indemnités sont maintenus en totalité. C’est le cas le plus proche du « payé à 100 % », mais il faut entendre cette formule correctement : 100 % du traitement conservé, pas 100 % du temps de travail.

Dans la territoriale, le vrai piège est ailleurs. Le traitement indiciaire est bien maintenu, mais les primes dépendent de la délibération qui a institué le régime indemnitaire local. Du coup, avant de faire vos comptes, il faut demander la règle appliquée par votre collectivité. C’est souvent là que se joue l’écart réel sur la paie.

Dans l’hospitalière, le régime est plus nuancé sur les primes. La page Service-public précise que les primes et indemnités modulables selon les résultats et la manière de servir restent modulables. Là aussi, la lecture détaillée de la fiche de paie compte plus que le slogan « mi-temps payé plein pot ».

Pour les contractuels, le mécanisme change franchement. Le salaire versé par l’employeur est lié à la quotité travaillée, donc à 50 %, 60 %, 70 %, 80 % ou 90 %. Le complément éventuel vient des indemnités journalières, et l’autorisation est subordonnée à l’accord d’indemnisation de la CPAM pour les contractuels de l’État. Si vous cherchez un ordre d’idée sur les revenus pendant un arrêt ou une reprise aménagée, vous pouvez comparer avec notre simulateur d’indemnités journalières maladie.

Le temps partiel thérapeutique dure combien de temps ?

La durée maximale reste d’un an. C’est la borne qui ne bouge pas. Ce droit peut être utilisé de manière continue ou discontinue, mais le total ne peut pas dépasser un an pour la même ouverture de droits.

Le texte prévoit aussi une reconstitution après une période d’activité à temps plein d’un an. Service-public précise que seules les périodes en position d’activité et de détachement sont prises en compte pour ce délai. Autrement dit, un nouveau droit ne se rouvre pas parce que le calendrier a simplement avancé ; il faut une vraie année de reprise à temps plein.

Ce point change beaucoup de choses en pratique. Un agent qui utilise plusieurs séquences de reprise partielle, même espacées, consomme le même compteur. L’erreur fréquente consiste à raisonner par prescription médicale isolée, alors que l’administration regarde une durée totale maximale d’un an.

Depuis le 1er août, la procédure a changé

Beaucoup de contenus en ligne sont devenus partiellement faux sur un point précis : ils parlent encore de périodes obligatoires d’un à trois mois. Depuis le 1er août 2026, ce n’est plus la règle. Le portail de la fonction publique l’indique clairement : le temps partiel thérapeutique peut désormais être prescrit pour une durée pouvant aller jusqu’à un an, sans périodicité obligatoire.

Le deuxième changement concret concerne le délai de réponse. Hors reprise après congé de longue maladie, congé de longue durée, Citis ou disponibilité pour raison de santé, l’administration doit statuer au plus tard dans les 30 jours suivant la réception de la demande. Quand la demande intervient à la fin de l’un de ces congés, la décision doit intervenir au plus tard le jour de la reprise.

Le contrôle automatique après trois mois disparaît aussi. À la place, un contrôle médical peut être demandé à tout moment, lors de l’octroi, du renouvellement ou en cours de période. Si l’agent refuse ce contrôle ou ne s’y présente pas sans justification, l’autorisation peut être refusée ou interrompue.

Le refus est plus encadré qu’avant. Il doit être motivé. Et s’il repose sur les nécessités de continuité ou de fonctionnement du service, il doit être précédé d’un entretien avec l’agent, qui peut se faire assister par une personne de son choix.

Comment demander un mi-temps thérapeutique ?

La demande se fait auprès de l’administration employeur, avec un certificat médical. Ce certificat doit comporter trois éléments précis : la quotité souhaitée parmi 50 %, 60 %, 70 %, 80 % ou 90 %, la durée souhaitée dans la limite d’un an, et les conditions d’exercice des fonctions.

Ces conditions d’exercice peuvent être organisées en continu ou en discontinu, par journées ou demi-journées non travaillées, ou sous forme de réduction journalière de la durée de travail. Ce détail n’est pas secondaire. Deux autorisations à 60 % peuvent produire des effets très différents selon qu’il s’agit d’absences sur des journées entières ou d’un allègement quotidien.

L’administration peut vous adresser chez un médecin agréé dès réception de la demande. En cas d’absence injustifiée à cet examen, vous êtes considéré comme renonçant à la demande. Si vous contestez les conclusions médicales, comme l’administration d’ailleurs, le conseil médical peut être saisi. Et si vous êtes déjà autorisé au moment de cette saisine, l’autorisation est prolongée jusqu’à l’avis rendu.

Ce qui fait varier la paie réelle

Le mot « combien » appelle un chiffre, mais il n’existe pas de montant universel. La paie dépend du traitement indiciaire de départ, du supplément familial de traitement, de l’indemnité de résidence, de la NBI si vous la percevez, du CTI quand il existe, et surtout du régime de primes applicable à votre versant et à votre employeur.

Il faut ajouter un cas souvent oublié : si vous étiez déjà à temps partiel pour un autre motif, ce temps partiel prend fin lorsque le temps partiel thérapeutique est accordé. Le maintien intégral du traitement ne se lit donc pas comme la prolongation de l’ancien temps partiel. C’est un nouveau cadre juridique, avec ses propres règles.

Autre conséquence pratique : les heures supplémentaires sont interdites pendant la période. Dans la territoriale, l’interdiction vise aussi les heures complémentaires si vous êtes à temps non complet. Et si vous passez en congé de maternité, d’adoption, en congé supplémentaire de naissance ou en congé de paternité et d’accueil de l’enfant, la période est interrompue.

Quand la reprise partielle s’inscrit après un arrêt, il faut aussi regarder l’effet sur les revenus annexes liés au congé maladie, comme le jour de carence en ALD ou les retenues subies avant la reprise. Ce n’est pas la même question, mais elle pèse souvent dans le budget du mois où l’on bascule vers le dispositif.

Questions fréquentes

Est-ce que le mi-temps thérapeutique est payé à 100 % ?

Pour un fonctionnaire, le traitement indiciaire est maintenu en totalité. En revanche, la réponse n’est pas uniformément « oui » pour toute la paie, car les primes ne suivent pas la même règle selon le versant. Pour un contractuel, le salaire employeur est lié à la quotité travaillée, avec un complément éventuel par indemnités journalières.

Quelle est la durée maximale d’un temps partiel thérapeutique pour un fonctionnaire ?

La durée totale maximale est d’un an. Cette année peut être utilisée en continu ou en discontinu. Pour retrouver un nouveau droit, il faut ensuite une année d’activité à temps plein.

Quelles sont les nouveautés du temps partiel thérapeutique dans la fonction publique ?

Depuis le 1er août 2026, l’autorisation peut être prescrite jusqu’à un an sans tranches obligatoires d’un à trois mois. L’administration dispose en principe de 30 jours pour répondre, le refus doit être motivé, et un entretien est obligatoire si le refus repose sur les nécessités de service.

Faut-il avoir été en arrêt maladie avant de demander un temps partiel thérapeutique ?

Non. Service-public précise que le dispositif peut être accordé à la fin d’un congé de maladie ou sans arrêt de travail préalable. Ce point compte beaucoup pour les situations de maintien dans l’emploi avant aggravation de l’état de santé.

Que se passe-t-il si l’on change d’employeur public pendant la période ?

En cas de changement d’employeur pendant une période déjà autorisée, l’autorisation est conservée auprès du nouvel employeur. Ce n’est donc pas un redémarrage à zéro du droit. La continuité du dispositif suit l’agent.

Peut-on modifier la quotité avant la fin prévue ?

Oui, à la demande de l’agent. Il faut adresser une demande à l’administration avec un certificat médical pour modifier la quotité ou mettre fin au dispositif avant la date prévue. La même logique vaut si vous souhaitez y mettre fin parce qu’un retour au temps plein redevient possible.

Le temps partiel thérapeutique compte-t-il pour la carrière ?

Oui pour les points essentiels signalés par Service-public. Pour les stagiaires, la période accomplie à temps partiel thérapeutique est intégralement prise en compte lors de la titularisation pour l’avancement et le classement. Le dispositif est pensé comme un maintien dans l’emploi, pas comme une parenthèse qui efface du temps de carrière.

Sources

Sources consultées le 9 octobre 2026.

Informations vérifiées à cette date ; des évolutions ultérieures sont possibles. Vérifiez auprès de la source officielle.

1. www.fonction-publique.gouv.fr/toutes-les-actualites/arrets-de-travail-pour-raisons-de-sante-temps-partiel-therapeutique-de-nouvelles-regles-sappliquent-dans-la-fonction-publique
2. www.fonction-publique.gouv.fr/etre-agent-public/ma-protection-sociale/temps-partiel-pour-raison-therapeutique
3. Un fonctionnaire peut-il travailler à temps partiel pour raison … www.service-public.gouv.fr/particuliers/vosdroits/F12788