Jour de carence et ALD : comment la retenue s’applique-t-elle ?

Un arrêt maladie de plus pour la même pathologie chronique, et la question de la paie revient aussitôt. Dans la fonction publique, le premier jour d’absence n’est pas rémunéré, mais l’ALD forme un cas à part : la retenue suit une règle de calcul propre, qui ne ressemble pas à celle d’un arrêt ordinaire. Beaucoup restent perplexes, puisque la pathologie est la même d’un arrêt à l’autre. Dans le secteur privé, la carence se situe ailleurs.

Jour de carence et ALD : de quelle règle parle-t-on ?

Jour de carence et ALD, c’est la rencontre de deux dispositifs : d’un côté le jour non rémunéré qui ouvre chaque congé de maladie des agents publics, de l’autre l’affection de longue durée, qui permet une prise en charge à 100 % des soins liés à la maladie. Selon service-public.gouv.fr, un jour de carence non rémunéré s’applique à chaque arrêt de travail pendant un congé de maladie, sauf exceptions. La rémunération est versée à partir du 2e jour d’arrêt, pour les fonctionnaires comme pour les contractuels.

Ce jour n’est pas neutre sur la fiche de paie. Le traitement indiciaire, les primes et indemnités, l’indemnité de résidence et la NBI ne sont pas versés le premier jour pour un fonctionnaire. Les contractuels sont concernés de la même façon, à ceci près que seule l’indemnité de résidence est visée, pas la NBI. Certains éléments sont en revanche maintenus si l’agent y a droit : le supplément familial de traitement, les remboursements de frais, les avantages en nature, les primes liées à l’organisation du travail ou encore la prise en charge partielle des titres de transport domicile-travail.

Le jour de carence est aussi décompté comme un jour de congé de maladie rémunéré à 90 %.

Combien de fois le jour de carence est-il retenu pour une même ALD ?

Une seule fois pendant 3 ans. Le délai part du premier congé de maladie pris pour cette ALD et se calcule de date à date. Pendant toute cette période, les arrêts suivants liés à la même affection ne donnent pas lieu à un nouveau jour non rémunéré, à condition qu’ils soient bien rattachés à l’ALD.

Un exemple chiffré montre le mécanisme. Un agent est placé en arrêt le 10 mars pour une ALD : le jour de carence est retenu ce jour-là. S’il est de nouveau arrêté pour la même affection le 15 octobre de la même année, puis en juin de l’année suivante, aucune retenue n’est opérée. Le délai de 3 ans court jusqu’au 10 mars trois ans plus tard.

Reste le cas de plusieurs affections. Si l’agent est reconnu en ALD pour deux pathologies distinctes, la règle joue pour chacune d’elles : un jour de carence peut être retenu par période de 3 ans et pour chaque ALD. Un arrêt sans rapport avec l’ALD relève de la règle générale et donne lieu à un jour de carence comme tout autre congé de maladie.

Jour de carence et ALD : que faire pour que l’affection soit prise en compte ?

Tout se joue sur le certificat. C’est le médecin qui établit le lien entre l’arrêt et l’ALD et qui coche la case correspondante dans le volet n° 2 de l’arrêt de travail. Sans cette mention, l’administration n’a aucun moyen de rattacher l’arrêt à l’affection de longue durée, et le jour de carence peut être retenu comme pour un arrêt ordinaire.

Encore faut-il que l’ALD soit reconnue. Trois types d’ALD exonérantes existent : l’ALD 30 (liste d’affections comme le diabète, le cancer, la sclérose en plaques ou la maladie de Parkinson), l’ALD 31 (affection hors liste, évoluant sur plus de 6 mois avec un traitement coûteux) et l’ALD 32 (polypathologies entraînant un état invalidant, avec des soins continus de plus de 6 mois). La prise en charge à 100 % porte sur les soins liés à l’ALD, sur la base du tarif de la Sécurité sociale. Elle est accordée pour une durée initiale qui varie selon l’affection, puis renouvelable.

L’avis d’arrêt doit parvenir à l’administration dans les 48 heures, avec un délai de 8 jours pour justifier un dépassement hors hospitalisation. Notre article sur l’arrêt de travail transmis après le délai détaille ce qui se passe quand ce délai est dépassé.

Jour de carence et ALD : prolongation, rechute et autres exceptions

La règle des 3 ans n’est pas la seule exception. Le jour de carence n’est pas retenu non plus lorsque l’arrêt est une prolongation dans les 48 heures. Ce délai se compte en jours calendaires, jours fériés et chômés compris, à partir du lendemain du dernier jour de l’arrêt initial. Deux conditions s’ajoutent : la reprise du travail entre les deux arrêts, pour la même affection, n’a pas dépassé 48 heures, et le médecin a coché la case « prolongation ».

Cette exception couvre aussi plusieurs situations concrètes : la reprise suivie d’un nouvel arrêt un ou deux jours plus tard, ou l’impossibilité de consulter un médecin pendant un week-end ou un jour férié accolé à l’arrêt, pour des raisons indépendantes de la volonté de l’agent.

D’autres congés sont exclus du jour de carence quelle que soit leur durée. Le tableau suivant les regroupe.

Situation	Jour de carence
Même ALD, dans les 3 ans suivant le premier congé pour cette affection	Non, une seule retenue sur la période
Prolongation ou nouvel arrêt pour la même affection après une reprise de 48 heures au plus	Non
Congé de longue maladie, congé de longue durée (fonctionnaire), congé de grave maladie (contractuel)	Non
Accident du travail ou maladie professionnelle (contractuel) ; Citis (fonctionnaire)	Non
Congé de maladie après déclaration de grossesse et avant le congé de maternité, congé de maternité	Non
Congé après fausse couche avant la 22e semaine d’aménorrhée, ou après IVG médicale	Non
Premier congé dans les 13 semaines suivant le décès d’un enfant de moins de 25 ans	Non

Fonctionnaire ou contractuel : qu’est-ce qui change ?

Pour le jour de carence, très peu de choses. Fonctionnaires et contractuels sont soumis à la même règle : rémunération à partir du 2e jour, mêmes exceptions pour l’ALD et les prolongations. Les différences portent sur la liste des congés exclus (Citis, congé de longue maladie et congé de longue durée pour les fonctionnaires, congé de grave maladie et accident du travail ou maladie professionnelle pour les contractuels) et sur le maintien de la rémunération.

Chez les contractuels, ce maintien dépend de l’ancienneté. Dans la fonction publique d’État, les congés de maladie sont rémunérés pendant 12 mois consécutifs ou 300 jours d’arrêts continus, à condition de justifier d’au moins 4 mois de services : 90 % du traitement indiciaire pendant 3 mois, puis la moitié pendant 9 mois. Dans les fonctions publiques territoriale et hospitalière, le maintien varie avec l’ancienneté.

Ancienneté du contractuel (FPT et FPH)	Maintien du traitement
4 mois de services	30 jours à 90 % puis 30 jours à 50 %
2 ans de services	60 jours à 90 % puis 60 jours à 50 %
3 ans de services	90 jours à 90 % puis 90 jours à 50 %

Sans droit à un congé rémunéré, l’agent est placé en congé non rémunéré. Il peut alors percevoir les indemnités journalières de la Sécurité sociale, versées à partir du 4e jour, après un délai de carence de 3 jours. Quand l’administration continue de rémunérer l’agent, ces indemnités sont déduites de son traitement indiciaire.

Et dans le privé : la carence est-elle la même ?

Non, le mécanisme est différent. Un salarié du privé n’a pas de « jour » de carence mais un délai de 3 jours : les indemnités journalières de la Sécurité sociale ne sont pas versées pour ces 3 jours, à chaque arrêt. Selon service-public.gouv.fr, cette carence ne s’applique pas si la reprise d’activité entre deux arrêts n’a pas dépassé 48 heures, ni pour des arrêts successifs liés à une affection de longue durée.

Le calcul des indemnités est le suivant : 50 % du salaire journalier de base, obtenu en divisant la somme des 3 derniers salaires bruts par 91,25. Le salaire pris en compte est plafonné à 1,4 fois le Smic mensuel (2 613,82 € par mois en 2026), et les indemnités sont plafonnées à 42,97 € bruts par jour. Pour 2 000 € bruts par mois, cela donne 32,87 € par jour. Les indemnités sont dues pour chaque jour calendaire, week-end compris.

La durée diffère aussi. Dans le cas général, les indemnités sont limitées à 12 mois sur 3 années consécutives. Pour une ALD, elles sont versées pendant 3 ans, et un nouveau délai de 3 ans s’ouvre après au moins 1 an de reprise du travail. L’employeur peut en outre compléter les indemnités : après 1 an d’ancienneté, avec un délai de carence de 7 jours, sauf disposition conventionnelle plus favorable. Pour chiffrer ce que touche un salarié, le simulateur d’indemnités journalières maladie permet de comparer les situations.

Questions fréquentes

Un congé de longue maladie donne-t-il lieu à un jour de carence ?

Non. Le congé de longue maladie et le congé de longue durée sont exclus du jour de carence pour un fonctionnaire. Pour un contractuel, c’est le congé de grave maladie qui l’est. Ne les confondez pas avec un congé de maladie ordinaire rattaché à une ALD, qui reste soumis à la règle des 3 ans.

Un arrêt pour accident du travail est-il concerné ?

Non pour un contractuel : le congé pour accident du travail ou maladie professionnelle est exclu du jour de carence. Pour un fonctionnaire, l’exclusion vise le congé pour infirmités liées à un service, à un acte de dévouement ou au sauvetage de vies, et le Citis.

Une grossesse supprime-t-elle la carence ?

Oui, dans deux cas : le congé de maladie pris après la déclaration de grossesse et avant le congé de maternité, et le congé de maternité lui-même, y compris les congés supplémentaires pour grossesse pathologique. La fausse couche avant la 22e semaine d’aménorrhée et l’IVG médicale sont aussi exclues.

Le jour de carence est-il retenu après le décès d’un enfant ?

Le premier congé de maladie pris dans les 13 semaines suivant le décès d’un enfant de moins de 25 ans est exclu du jour de carence. Il en va de même pour une personne de moins de 25 ans qui était à la charge effective et permanente de l’agent.

Combien de temps dure un arrêt maladie dans la fonction publique ?

Un premier arrêt est prescrit pour 31 jours maximum, une prolongation pour 62 jours maximum. Les textes de référence sont le Code général de la fonction publique, articles L822-1 à L822-5 notamment, et les décrets propres à chaque fonction publique.

Sources

1. Service-public.gouv.fr, « Jour de carence pour maladie dans la fonction publique », https://www.service-public.gouv.fr/particuliers/vosdroits/F13861, consultée le 15 octobre 2026.
2. Service-public.gouv.fr, « Congé de maladie d’un fonctionnaire », https://www.service-public.gouv.fr/particuliers/vosdroits/F490, consultée le 15 octobre 2026.
3. Service-public.gouv.fr, « Affection de longue durée (ALD) », https://www.service-public.gouv.fr/particuliers/vosdroits/F34068, consultée le 15 octobre 2026.
4. Service-public.gouv.fr, « Arrêt maladie : indemnités journalières versées au salarié », https://www.service-public.gouv.fr/particuliers/vosdroits/F3053, consultée le 15 octobre 2026.