Jour de carence et ALD : combien de fois on vous le retient ?

Mis à jour le 4 septembre 2026, barème et règles en vigueur à cette date

Un agent public tombe malade, l’arrêt se prolonge, et la question du jour de carence revient forcément quand il s’agit d’une affection de longue durée. Le jour de carence est un dispositif appliqué aux agents de la fonction publique, qui rend le premier jour d’un congé maladie non rémunéré. Pour une pathologie chronique suivie sur plusieurs années, la mécanique de cette retenue obéit à une règle précise, différente de ce qu’on imagine souvent.

Qu’est-ce que le jour de carence dans la fonction publique ?

Depuis le 1er janvier 2018, le premier jour d’un congé maladie ordinaire n’est pas rémunéré pour les agents publics. Sont concernés les fonctionnaires titulaires, les fonctionnaires stagiaires et les agents non-titulaires de droit public : le champ d’application couvre donc l’immense majorité des personnels de l’État, des collectivités et des hôpitaux publics.

Deux types de congés entrent dans le champ de ce dispositif : le congé maladie ordinaire classique, et le congé maladie dans le cadre d’une affection de longue durée. Les autorisations d’absence, comme celles accordées pour garder un enfant malade, restent en revanche totalement hors du dispositif : aucune retenue n’y est appliquée, quelle que soit leur fréquence.

Combien de fois le jour de carence est-il retenu pour une même ALD ?

Pour une ALD donnée, le jour de carence ne s’applique qu’une seule fois sur une période de 3 ans, appréciée date à date à partir du premier arrêt lié à cette pathologie. Concrètement, un agent placé en congé pour ALD au titre d’une maladie chronique peut connaître plusieurs arrêts successifs liés à cette même affection pendant ces trois années sans qu’un nouveau jour non rémunéré lui soit à chaque fois retiré.

Cette règle change beaucoup la donne par rapport au congé maladie ordinaire classique, où chaque nouvel arrêt distinct peut en principe déclencher sa propre retenue. Sur une ALD, c’est l’ancienneté de la pathologie qui compte : une fois le délai de 3 ans écoulé depuis le premier jour retenu, un nouvel arrêt lié à cette même affection peut donner lieu à une nouvelle retenue d’un jour, le compteur de 3 ans repartant alors à zéro.

Que se passe-t-il en cas de prolongation, rechute ou requalification ?

Plusieurs situations concrètes viennent nuancer l’application de la carence, au-delà de la seule règle des 3 ans. Une prolongation d’un arrêt maladie déjà en cours ne génère jamais de nouveau jour de carence : la retenue a déjà été effectuée au premier jour du congé initial, elle ne se répète pas à chaque renouvellement du certificat médical.

Autre cas fréquent, la rechute rapide : si l’agent reprend son activité puis retombe, dans les 48 heures, en congé maladie ordinaire pour la même pathologie, aucun nouveau jour de carence n’est prélevé. Le dispositif considère qu’il s’agit d’une continuité du même épisode de maladie plutôt que d’un nouvel arrêt.

La question se pose aussi lorsque l’arrêt est établi le jour même où l’agent a travaillé, par exemple après une consultation médicale en fin de service : dans ce cas, le délai de carence s’applique le premier jour suivant l’absence réellement constatée au travail, et non le jour de la consultation. Enfin, si un congé maladie ordinaire est requalifié rétroactivement, après avis du comité médical, en congé de longue durée ou de longue maladie, l’agent a droit au remboursement du 1/30e retenu au titre du ou des jours de carence déjà appliqués.

Quel est l’impact du jour de carence sur le salaire ?

Que l’agent travaille à temps plein ou à temps partiel, la retenue porte sur 1/30e de sa rémunération globale : traitement, bonification indiciaire, NBI, primes et indemnités, ISOE ou ISAE selon le corps concerné. Cette retenue est effectuée sur le traitement du mois où survient le premier jour de maladie; si l’opération ne peut pas être faite à ce moment-là, elle est reportée sur le mois suivant.

Certains éléments de rémunération échappent toutefois à cette retenue : le supplément familial de traitement, la garantie individuelle de pouvoir d’achat et les indemnités pour frais de déplacement, y compris l’indemnité de sujétion spéciale, continuent d’être versés normalement. Le jour de carence s’impute aussi sur le crédit des 90 premiers jours de congé maladie rémunérés à 90 % du traitement : chaque jour de carence retenu réduit d’autant ce quota de jours à 90 %.

Sur le plan de la carrière, la journée de carence reste comptée comme travaillée : elle ne pénalise ni l’avancement, ni l’ancienneté, ni les droits à la retraite. Elle ne donne en revanche lieu à aucune cotisation ni à aucun prélèvement social, ni CSG ni CRDS, puisqu’aucune rémunération n’est versée ce jour-là. Un salarié du secteur privé placé en arrêt maladie relève d’un mécanisme différent, avec un délai de carence propre à la Sécurité sociale : le simulateur d’indemnités journalières maladie permet de comparer ce que touche réellement un salarié dans ce cas.

Dans quels cas le jour de carence ne s’applique-t-il jamais ?

Certains congés sont totalement exclus du dispositif, quelle que soit leur durée ou leur fréquence. C’est le cas des congés pour accident du travail ou maladie professionnelle, ainsi que des congés de longue maladie, de grave maladie et de longue durée pris en tant que tels, à ne pas confondre avec le congé maladie ordinaire lié à une ALD, qui lui reste concerné par la règle des 3 ans vue plus haut.

Sont également exclus le premier congé de maladie survenant dans les 13 semaines suivant le décès d’un enfant de moins de 25 ans, ou d’une personne à charge du même âge, ainsi que les congés maladie ordinaire intervenant après une déclaration de grossesse, ceux liés à une fausse couche ou à une interruption médicale de grossesse, et les congés de maternité, y compris les congés dits pathologiques qui les entourent.

Un régime distinct s’applique par ailleurs aux agents contractuels, AED et AESH : un délai de carence de 3 jours, et non d’un seul, leur est appliqué en cas d’arrêt maladie dès lors que leur ancienneté est inférieure à 4 mois de service. Passé ce seuil d’ancienneté, la règle générale d’un jour non rémunéré s’applique comme pour les autres agents. Si le retard à transmettre l’arrêt de travail à l’administration peut, lui aussi, avoir des conséquences sur le versement du traitement, le mécanisme est distinct de celui de la carence : ce qui arrive quand on dépasse le délai d’envoi mérite d’être connu séparément.

Questions fréquentes

Après combien de temps un nouveau jour de carence peut-il être appliqué pour la même ALD ?

La règle des 3 ans se calcule date à date depuis le premier jour de carence retenu pour cette affection. Une fois ce délai écoulé, un nouvel arrêt lié à la même pathologie peut entraîner une nouvelle retenue d’un jour, et un nouveau cycle de 3 ans démarre alors.

Les congés pour garde d’un enfant malade sont-ils concernés par le jour de carence ?

Non, les autorisations d’absence, dont celles accordées pour garder un enfant malade, ne relèvent pas du dispositif du jour de carence. Aucune retenue n’est appliquée sur ce type d’absence, peu importe sa fréquence dans l’année.

Le jour de carence est-il différent pour un contractuel ayant plus de 4 mois d’ancienneté ?

Oui : le délai de carence de 3 jours ne concerne que les agents contractuels, AED ou AESH dont l’ancienneté de service est inférieure à 4 mois. Au-delà de ce seuil, la règle générale du jour de carence unique s’applique, comme pour les fonctionnaires titulaires ou stagiaires.

Sources

Sources consultées le 4 septembre 2026.

Informations vérifiées à cette date ; des évolutions ultérieures sont possibles. Vérifiez auprès de la source officielle.

1. Jour de carence – SE-UNSA, www.se-unsa.org/2026/03/jour-de-carence/